Bil.	Bahagian
1	Pejabat Ketua Pengarah Pendidikan Tinggi
2	Pejabat Timbalan Ketua Pengarah Pendidikan Tinggi (Governan dan Pembangunan)
3	Pejabat Timbalan Ketua Pengarah Pendidikan Tinggi (Akademik dan Penyelidikan)
4	Bahagian Governan IPTA
5	Bahagian Governan IPTS
6	Bahagian Standard Swasta
7	Bahagian Penguatkuasaan dan Inspektorat
8	Bahagian Hubungan Industri
9	Bahagian Hal Ehwal Pelajar
10	Bahagian Kecemerlangan Akademik
11	Bahagian Kecemerlangan Penyelidikan IPT
12	Bahagian Kemasukan Pelajar IPTA
13	Bahagian Pengantarabangsaan Pendidikan Tinggi
14	Bahagian Khidmat Pengurusan