Bil. Bahagian
1 Pejabat Ketua Pengarah Pendidikan Tinggi
2 Pejabat Timbalan Ketua Pengarah Pendidikan Tinggi (Governan dan Pembangunan)
3 Pejabat Timbalan Ketua Pengarah Pendidikan Tinggi (Akademik dan Penyelidikan)
4 Bahagian Governan IPTA
5 Bahagian Governan IPTS
6 Bahagian Standard Swasta
7 Bahagian Penguatkuasaan dan Inspektorat
8 Bahagian Hubungan Industri
9 Bahagian Hal Ehwal Pelajar
10 Bahagian Kecemerlangan Akademik
11 Bahagian Kecemerlangan Penyelidikan IPT
12 Bahagian Kemasukan Pelajar IPTA
13 Bahagian Pengantarabangsaan Pendidikan Tinggi
14 Bahagian Khidmat Pengurusan